Dans le cadre de cette nouvelle organisation, la société mère pilote et valide les grandes décisions d’investissement et les orientations stratégiques exception faite, pour SNCF Réseau, des fonctions « essentielles » (tarification des péages et attribution des sillons).
SNCF Réseau, gestionnaire du réseau, est en effet tenue d’une obligation d’indépendance visant à éviter toute action favorisant sa sœur SNCF Voyageurs par rapport à ses futurs concurrents français ou étrangers.
Les dirigeants et administrateurs de la société mère SNCF ne peuvent ainsi être administrateurs de SNCF Réseau.
De même, un membre du conseil d’administration de SNCF Réseau ne peut être administrateur de SNCF Voyageurs.